Mesinnya juga diganti, berkapasitas lebih besar, 125 cc berteknologi blue core yang diklaim lebih irit 50 persen dibanding Mio generasi pertama. Jantung mekanis ini sanggup memuntahkan torsi puncak 9,6 Nm pada 5.500 rpm dan tenaga maksimal 9,52 PS pada 8.000 rpm.
Generasi ketiga Mio M3, memiliki fitur eco indicator agar pengendara bisa lebih menghemat konsumsi bahan bakar. Dan pada 2016, muncul varian dengan fitur lebih banyak dengan tambahan advance key system (AKS) dan stop & start system (SSS). AKS berfungsi memberi kenyamanan terhadap pemilik, karena lubang kunci sudah terintegrasi dengan auto open key shutter dan multifunction key untuk menghidupkan motor, membuka jok dan mengunci stang. Ada pula fitur answer back system untuk mencari kendaraan di tempat parkir.
Sementara SSS mampu menonaktifkan mesin secara otomatis saat kendaraan berhenti lebih dari tiga detik. Tujuannya untuk lebih menghemat konsumsi bahan bakar. Harga Mio M3 saat ini, Rp 16,2 juta untuk varian standar dan Rp 18,1 juta untuk varian dengan fitur terlengkap.