Peluncuran logo baru Toyota pada bulan Oktober 1989, yang menjadi ciri khas mobil Toyota sampai saat ini. Selanjutnya pada tahun 1991, Kijang Super mengalami perubahan pada sistem kemudi 'Rack & Pinion' agar sistem kemudi lebih ringan, dan penyempurnaan pada Axle 3 kopel untuk mengurangi getaran serta penambahan power steering. Pada tanggal 1 Agustus 1992, Toyota memasuki generasi perbaikan bodi mobil yang disebut sebagai Toyota Original Body, ditandai dengan peluncuran Toyota Kijang Grand Extra.
Pada masa ini terjadi perubahan letak tangki bensin yang awalnya berada di bawah bemper belakang menjadi di tengah samping kiri, sedangkan posisi ban serep yang semula diletakan di tengah samping kiri dipindah menjadi di bawah bemper belakang.
Mesin yang digunakan masih memakai tipe 5K namun memiliki daya kuda (horse power) yang lebih tinggi yakni 72ps pada putaran mesin 5000 rpm dan torsi maksimal 120Nm pada putaran mesin 3200 rpm.
Selanjutnya, tahun 1995 Toyota menghadirkan mesin tipe 7K berkapasitas 1800 cc karburator dengan tenaga maksimal 80 HP pada putaran mesin 4600 rpm dan torsi maksimal sebesar 139 Nm pada putaran mesin 2800 rpm. Masih di tahun yang sama, tepatnya di tanggal 24 Maret 1995 Toyota meluncurkan Kijang versi facelift dengan mesin 1800 cc yang dipasarkan dengan Toyota Kijang 1800 dan mulai dijual pada awal bulan April 1995. Berbekal mesin 1800 cc tersebut dipakai hingga Kijang Kapsul Bensin pre-facelift (1997-1999) dan sejak tahun 2000 sudah dilengkapi injeksi.
4. Generasi Keempat (1997-2004)
Pada bulan Januari 1997 Toyota Kijang meluncurkan model berikutnya dengan perubahan pada eksterior dan interiornya menjadi lebih aerodinamis. Di generasi ini juga mobil Kijang dikenal sebagai 'Kijang Kapsul' karena bentuknya yang membulat. Total varian awalnya mencapai 18 model dengan pilihan sasis (panjang/pendek) dan mesin yang berbeda (bensin/diesel).
Generasi ini, Toyota mengeluarkan dua tipe mesin yakni Mesin bensin 1800cc (tipe 7K) seperti generasi sebelumnya dan Mesin diesel 2400cc (tipe 2L) tanpa turbo milik Toyota HiAce yang membuat persaingan dengan Isuzu Panther untuk mobil keluarga bermesin diesel yang saat itu mendominasi pasaran Indonesia.
Pada Kijang versi tahun 1997 - 1999, mesin bensin masih menggunakan karburator, barulah pada tahun 2000, tersedia mesin bensin dengan sistem injeksi elektronik, Electronic Fuel Injection (EFI). Ada dua pilihan untuk mesin bensin EFI, yaitu 7K-E dengan kapasitas 1800cc bertenaga 80 hp dan 1RZ-E dengan kapasitas 2000 cc bertenaga 100 hp yang diambil dari Toyota Hilux.
Perubahan mesin ini dinamai New Kijang EFI dengan mengubah desain lampu menjadi "lampu kristal" yang menghilangkan lampu kabut built-in yang terdapat pada tipe LGX/SGX sebelumnya. Lampu model ini juga terdapat pada lampu belakang, desain bumper baru, dan juga desain velg roda yang berbeda serta seatbelt (sabuk keselamatan) pada jok penumpang bagian tengah (varian SSX/LSX dan SGX/LGX).
Dari segi velg alloy racing ring 14" bermerek Enkei tersedia untuk varian LSX dan SSX. Tipe SGX/LGX dan Krista mulai menggunakan model setir tiga palang. Facelift terakhir mengubah bentuk lampu depan, lampu belakang diberi hiasan ala Toyota Land Cruiser, bumper desain baru, kelir interior baru, desain setir tiga palang baru dengan emblem Toyota chrome untuk tipe SGX/LGX dan Krista serta menghilangnya varian Diesel tipe sasis pendek dan varian mesin 1800cc untuk tipe Krista.
Pada versi Kijang Kapsul selain terdapat varian SX, SSX, SGX (sasis pendek) LX, LSX, LGX (sasis panjang) dan pick up, ada juga varian Krista (berbasis varian LGX) dengan tambahan over fender, warna body two tone dan interior lebih mewah dari LGX/SGX serta Rangga (berbasis varian SGX) dengan tambahan over fender, warna body two tone dan ban serep ala jip yang dipasang menempel pada pintu belakang.
Pada generasi keempat inilah Kijang mulai diekspor ke mancanegara dengan berbagai nama, kecuali untuk Brunei Darussalam yang tetap menggunakan nama Kijang, yaitu Malaysia dan Singapura (Toyota Unser), Filipina (Toyota Revo), Taiwan (Toyota Zace surf), Vietnam (Toyota Zace) dan Afrika Selatan (Toyota Condor 4x4)
Setelah Toyota Kijang Kapsul Minibus digantikan oleh Toyota Kijang Innova pada tanggal 1 September 2004, Toyota Kijang Kapsul Pickup 1.800cc dan 2.000cc masih diproduksi hingga awal tahun 2007,dan Toyota Hilux Single Cabin 2.0 VVT-i diluncurkan sebagai penerus Toyota Kijang Kapsul Pickup 1.800cc untuk memenuhi standar emisi Euro 2.